MinIONのセットアップ後、他研究室のサンプルが初めてシークエンスされた。今回は、マメ科植物の根粒菌を研究している研究室のランのサポートをした。根粒菌のゲノムDNAを高分子DNA抽出キットで抽出後、short read eliminator で精製したものが持ち込まれた。ライゲーションのプロトコールでランした。前回使用したのちにwashキットで洗っておいたflow cell を使用した。flow cell チェックではアクティブなpore数は920個程度と基準値を超えていた。実際にランを始めると、下の図のようにinactiveなporeが固まって出てきてしまった。
inavtiveなporeの割合はおおよそ3割程度のようだ。
空気の泡が流路に混入してポアに流れていってしまうとすぐに使えなくなってしまうと書いてあったが、これはその症例だろうと思われた。前回のランでは全体的に緑のシークエンスされているポアばかりになっていたので、ラン終了後のwashから、新しいサンプルのアプライまでのどこかでバブルが混入したのかもしれない。勿体無いが3割程度のporeはロスしてしまったようだ。
1時間すぎたあたりでランの途中経過を確認した。
ごく短いリードが少ないのは、short read eliminatorの精製によるものかもしれない。10Kb ~ 50Kbくらいのリードに加えて、200Kb近いリードも読めている。ランは48時間に設定したが、明日どの程度のリードが読めているか楽しみだ。根粒菌のような小さめのゲノムの場合、ロングリードを読むだけでアセンブルまでできるかもしれない。