LinuxマシンのRAM増強

解析に使っているLinuxマシンには96GbのRAMを積んでいて、だいたいそれで間に合うのだが、ゲノムアセンブリの際のショートリードを使ったpolishingや、RNA-seqデータ等のde novo assemblyには不足していて、途中でエラーを吐いて強制終了していた。そこで、メモリの増強を行うことにした。増強前に積んであったのは8Gbメモリ12枚だったのだが、とりあえず16Gbメモリを４枚買って残りのスロットに刺してみることにした。うまくいったら、予算に応じて残りのスロット分も買い足して、最終的には256Gb RAMにしようと思っている。買い足したのは、16GB module DDR4 2400MHz ECC CL17 288-Pin Server Premier (Kingston, KSM24RD8/16MEI)。最初に購入した時に刺してあったのがKingstonだったが、他のメーカなら同じ規格でもっと割安な製品がある。多分大丈夫なのだが、何がしかの相性問題が出た時に解析そのもの以外のところで時間を使うのも面倒だったので、メーカーは統一した。少し前に電気店に行った時に買ってあった静電気防止手袋をつけて作業した。

ネジを２つ外して側面のフタを開ける。この前もだったが、青いレバーをあげながらスライドさせないと開かない（いつも忘れてしまうので記録しておく）。

 RAMのスロットは４つ空いてい流のでそこに刺す。いつものように全体を軽く掃除する。前回から時間が経っているせいかファンや通気口には埃が溜まっていた。ブローやアルコール拭きで簡単に取り除いていく。まだHDDは１つ空いている。最近のPCのSSDの威力を目の当たりにしているので、すでにHDDで使っているベイも合わせて３つを全部SSDに付け直して使ったら使いやすくなるかもなと思っている。

 最後に蓋を閉めてケーブル類を元どおりに繋いでいく。メモリの確認は、

dmidecode --type memory

で行う。全てのスロットで無事メモリが確認され、新しく増設した16Gb x 4も無事使えるようになった。

いつの間にかCent OSは8がリリースされる

現在LinuxではCentOS 6.7を使用している。

7に上げようか迷っているうちに、centos8が出たらしい。ブログなどを読むと、アプリケーションのインストールに使われていたyumがなくなり新しいコマンドが使われるなど、結構変更点があるようだ。centosにこだわらずにubuntuに乗り換えるべきかも含めて、どのタイミングでosのアップグレードを行うか迷っている。クリーンインストールになると思われるので、とりあえず現在行なっている解析が終わり、かつ時間の余裕ができた時だろう。でも、過去の経験から言うと忙しい時ほど（逃避的に）OSやマシン増強などに走る傾向があるので、注意が必要だが。