2019年度 解析まわりでやりたいこと

解析まわりで、今年度やりたいこと、導入したいシステムなどを列挙しておきたい。

1. Dockerの導入

カラのlinux機かmacを準備してとりあえず使ってみたい。再現性の面でも、解析環境をまとめておくことができる方が望ましいだろう。

2. Windows OS の習熟

解析はほとんどmacOSとLinux OSで行なっているので、あまり必要性があるわけではないが、ある程度使える方が便利そうだ。また、他の人に何かを伝えるときも、大抵の場合相手はwindowsを使用しているので、分かっている方が会話がしやすい。

3. Jupyter Notebookなどを使った、プロトコル整備

自分が後から見返して分かりやすいようにということもあるが、学部生に見せて、自分でいじらせるためのプロトコルが必要だと感じる。

4. Rapsberry Piを使ったデバイス作り

植物写真や温湿度などをログする簡易記録機を安価に作れるのならば、いろいろな場所に設置しておきたい。水やりも半自動化できれば、ブレが少なくなりそうだ。そんなにシビアな植物生理の実験をしていないので、お金をつぎ込んでまでやる必要性はないが、簡易な設備を自分で作れるのなら便利そう。

5. Linux解析機のパワーアップ

現在96Gb RAM, 12Tb HDDのWSにもう少し付け足す。CentOS6で動かしているが、解析している論文が出た時点でOSをupgradeしたい。ssd化も検討したい。

6. バイオインフォマティクスのアルゴリズム、線形代数、統計の学習と、それらをプログラミングにつなげること

これまでにもっと勉強しておけばよかったと切実に思う。

屋外のBrassica rapa 開花

屋外の軒下に置いているBrassicaが花をつけ始めている。ここ最近の暖かさで一気に花茎が伸びてきていた。最初の方の花は捨て、2, 3回目くらいの花から種子取りに使おうと思っている。

ミツバチに花粉を取られないように、青い水切りネットをつけている。ビニール袋の方が確実のような気がするが、湿気がたまりやすくなる。水切りネットでしばらく様子を見る予定。

非常に力強い花茎が伸びている。

人工気象庫でも開花しているが、屋外の方が大きく育っている。

Jupyter notebookを使って、解析のスクリプトを一つのファイルに書いていく

ここ数日、一つのプロジェクトの解析で使うスクリプトをJupyter notebookを使って書いている。カーネルをpython3、bash、Rと使えるようにしておいて、ノートブックの途中でカーネルを変えながら、シェルスクリプトやpythonのプログラムを一つのファイルで記述していっている。こういう風にしていく理由の一つは、プロジェクト全体でどのようにデータ処理をしていったのか、流れがわかりやすくなるかなと思ったからだ。

これまではプロジェクトのディレクトリの色々な箇所にスクリプトが分散して置かれているような状態になっていて、一気に読めなかった。また、それぞれの処理の順番などが、後で見返したときにわかりにくいような気がしていた。

notebookにまとめると、そういった点は分かりやすくなったような気がする。標準出力も保存できるので、記録にもなる。あと、その都度アイデアなどをmarkdownでまとめていって、解析の流れの中で見れるのも便利だった。ただ、スクリプトや解析が長くなると逆に見づらくなってしまう。試行錯誤をしながら短いスクリプトの処理を積み重ねていくような場合だと、notebookが良いのだろうととりあえずの結論。