2019年4月1日月曜日

2019年度 解析まわりでやりたいこと

解析まわりで、今年度やりたいこと、導入したいシステムなどを列挙しておきたい。

1. Dockerの導入

カラのlinux機かmacを準備してとりあえず使ってみたい。再現性の面でも、解析環境をまとめておくことができる方が望ましいだろう。

2. Windows OS の習熟

解析はほとんどmacOSとLinux OSで行なっているので、あまり必要性があるわけではないが、ある程度使える方が便利そうだ。また、他の人に何かを伝えるときも、大抵の場合相手はwindowsを使用しているので、分かっている方が会話がしやすい。

3. Jupyter Notebookなどを使った、プロトコル整備

自分が後から見返して分かりやすいようにということもあるが、学部生に見せて、自分でいじらせるためのプロトコルが必要だと感じる。

4. Rapsberry Piを使ったデバイス作り

植物写真や温湿度などをログする簡易記録機を安価に作れるのならば、いろいろな場所に設置しておきたい。水やりも半自動化できれば、ブレが少なくなりそうだ。そんなにシビアな植物生理の実験をしていないので、お金をつぎ込んでまでやる必要性はないが、簡易な設備を自分で作れるのなら便利そう。

5. Linux解析機のパワーアップ

現在96Gb RAM, 12Tb HDDのWSにもう少し付け足す。CentOS6で動かしているが、解析している論文が出た時点でOSをupgradeしたい。ssd化も検討したい。

6. バイオインフォマティクスのアルゴリズム、線形代数、統計の学習と、それらをプログラミングにつなげること

これまでにもっと勉強しておけばよかったと切実に思う。