2023年5月23日火曜日

RStudio server の導入

 RStudioは統計解析のためのR言語を用いた解析を行うときに便利な統合解析環境 (IDE) であり、データ解析をしている際にも多用するプラットフォームである。NGSデータのバイオインフォマティクスのようなライフサイエンス分野の解析でも頻繁に使用されるプラットフォームだが、これまでRStudio Desktop版を主に利用してきた。比較的リソースが豊富なubuntuのlinuxマシンを利用したいのだが、実際の端末としては発表資料やオフィスソフトを使っているMacやWindowsなどを使いたいとも思う。それで、Desktop版ではなくubuntu機にserver版をインストールして、ゲストのbrowserからアクセスすることを考えた。対象マシンにはVS codeでssh接続し、主に公式の手順に則って作業を進めた。


RStudioインストール手順 


Step1 Server versionの選択

基本的に公式のインストール手順の通りに進めていくことで実施できた。対象のマシンはubuntuなので、Debian10/Ubuntu20を選択した。


Step2 R のインストール

対象の環境には既にRがインストールされていたので、このステップは省略した。現在インストールされているのはR ver4.1.2だった。

R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"

Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)


Step3 RStudio Serverのインストール

端末で、以下のコマンドを実行しインストール作業を行なった。


$ sudo apt-get install gdebi-core


gdebi-coreについては、参考のリンクを見て調べた。

"gdebi を使うと、ローカルの deb パッケージをその依存関係を解決しながら インストールできます。apt は同じ動作をしますが、インストールできるのはリモート (http, ftp) にあるパッケージのみです。"

続けて、wgetで.debをダウンロードした。


$ wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2023.03.1-446-amd64.deb


ダウンロード先のディレクトリに移動し、先ほどのgdebiを用いてインストールする。


$ sudo gdebi rstudio-server-2023.03.1-446-amd64.deb


インストールの最後で、Serverが起動したことが表示された。


● rstudio-server.service - RStudio Server

     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: enabled)

     Active: active (running) since Mon 2023-05-22 23:08:17 JST; 1s ago

    Process: 6534 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)

   Main PID: 6535 (rserver)

      Tasks: 4 (limit: 309319)

     Memory: 4.1M

        CPU: 670ms

     CGroup: /system.slice/rstudio-server.service

             └─6535 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver


May 22 23:08:17 XXXXX systemd[1]: Starting RStudio Server...

May 22 23:08:17 XXXXX systemd[1]: Started RStudio Server.


Serverへのアクセス


手元Macのsafariから以下のアドレスに対してアクセスすると、ブラウザでRStudioの画面が表示された。


http://{serverマシンのIPアドレス}:8787/



ubuntuマシンのuser nameとpasswordを入力するとログインすることができた。



今回のRStudio serverの導入により、RStudioのインターフェイスは日常使用するPCから利用し、かつ計算は比較的スペックが高いubuntuのマシンを使うことが可能になった。この方法はDesktop版よりも便利なような気がする。解析結果のreportやコミュニケーションのことを考えると、officeなども完備している手元のパソコンを使いたいが、計算自体は多少重めの場合など、serverを使った方が便利に進めることができるだろう。


参考

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