昨年末の話になるが、anacondaをメインのMacBook Proにインストールした。ブログやWebページ、qiitaで紹介や解説などを一通り見て、一回 macOS の仮想化デスクトップに導入してみて、やっぱり便利そうだったので、メインのパソコンにもようやく導入することにした。嫌っている人が書いているように、確かに .bash_profile に色々書き込んだ上でシステムのpythonはマスクされ、condaで入れたpythonの方が使われるようにpathが書き加えられていた。pipをある条件で使うと不都合が起こる場合があると解説している人もいる。
素人にはよく分かっていないことが多いが、anacondaで便利になることも多い。特に、(anacondaで諸々インストールしなくても、minicondaを使えば良いが、)パッケージ管理の機能を使って、バイオインフォマティクスのプログラムをストレスなく導入できるのは、初めてやったときは感動した。また、jupyter notebookは、研究室内で教えたり記録を残しながら解析したりするのにも役立ちそう。他の研究室の人を手伝う時にも(導入の煩わしさはあると思うが)、スクリプトファイルひとつ渡すよりもとっつきやすいのではないかと思う。Rやbashを使えるようにすることもできる。これらは、ラボ内のドキュメント整理にすごい便利だと思う。
jupyterではないが、spyderは12月末にラボPCで3年生がデータを解析する時に早速使ってもらった。共有パソコンのwindowsにanacondaを導入、簡単なスクリプトを書いて渡し、ちょっと書き直しながら動かしてデータ解析してもらった。1万行を超えるエクセルシートからコピペを繰り返すという苦行のようなことをしていたので、改善しなければと思っていたが、スクリプトを渡して気軽に実行できる環境を整えるのに役立った。データ解析について、ラボ全体でよくやる作業をまとめ、再利用可能な形でjupyterのファイルとして共有することもありえるかなと思う。